El entrenador alemán de 41 años, se convierte en el pilar del nuevo proyecto del Schalcke 04. Tras cuatro temporadas al frente del Augsburgo, llega al equipo de la ciudad de Gelsenkirchen, con el fin de darle la estabilidad que merece y hacerle un ganador por el viejo continente, como ya fue en temporadas pasadas.
En la cúpula de los azules reales, confían plenamente en Markus Weinzierl, ya que consiguió hacer de un equipo con menos posibles como el Augsburgo, competir a un alto nivel e incluso por Europa. Lo consiguió clasificar para la Europa League y en la siguiente temporada fue eliminado, nada más y nada menos por el subcampeón de este torneo de este año, el Liverpool. En su presentación, dijo unas palabras sobre lo que espera del equipo esta temporada: "Hemos analizado todo y viendo la calidad de la plantilla, tenemos una buena base para tener éxito y desarrollar algo grande. Tenemos buenas ideas y queremos mejorar las cosas. Es importante para mí seguir una línea de trabajo que tenemos que llevarla con disciplina. Ya hemos visto un gran nivel en Augsburgo. Si podemos interpretar lo mismo al Schalke, con estos jugadores, tendremos éxito."